اولین گام درآموزش و پرورش کودکان استثنایی بیش از 80 سال قبل در ایران برداشته شد. نخستین فعالیت ها در بخش آموزش و پرورش نابینایان از سال 1299 هجری شمسی توسط شخصی به نام ارنست کریستوفل اهل کشور آلمان در شهر تبریز با جذب 5 دانش آموز آغاز گردید.مرحوم جبار باغچه بان با تاسیس باغچه اطفال در شهر تبریز در سال 1303 گام نخست را در جهت تعلیم و تربیت ناشنوایان برداشته و آموزش و پرورش کودکان عقب مانده ذهنی به شکل آموزشگاهی در 1329 در تهران به صورت داوطلبانه و در بخش غیر دولتی شروع شد.

در سال 1347 دفتری به نام آموزش کودکان و دانش آموزان استثنایی در وزارت آموزش و پرورش تشکیل و فعالیت این بخش از آموزش و پرورش در قالب مدارس استثنایی و کلاس های خاص، شکل دولتی و رسمی به خود گرفت.

بعد از انقلاب اسلامی تمامی مدارس ناشنوایان استان تهران تحت عنوان مدارس باغچه بان، زیر پوشش اداری، مالی و آموزشی مجتمع ناشنوایان باغچه بان قرار گرفت، همچنین مجتمع نابینایان شهید محبی با بودجه مستقل، اداره مدارس نابینایان شهر تهران را به عهده گرفت.این دو مجتمع تا تاسیس سازمان آموزش و پرورش استثنایی در سال 1371 به فعالیت خود ادامه دادند.توجه وسیع و همه جانبه نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران به آموزش و پرورش کودکان استثنایی سبب شد تا با تصویب قانونی در مجلس شورای اسلامی، سازمانی وابسته به وزارت آموزش و پرورش تحت عنوان سازمان آموزش و پرورش استثنایی، در سال 1370 تاسیس و با ابعادی وسیع تر، اهداف و وظایف بیشتر از سابق، گروه های بیشتری از کودکان و دانش آموزان استثنایی را تحت پوشش قرار دهد.